เริ่มต้น ค.ศ. 1958 เมื่อมีคริสตชนย้ายถิ่นเข้ามาในจังหวัดกระบี่ เพื่อประกอบอาชีพในกิจการต่างๆ อาทิ ทำสวน แพทย์ โรงแรม ร้านอาหาร ค้าขาย มีจำนวนคริสตชนประมาณ 10 คน
ช่วงแรกคริสตชนต้องเดินทางกว่า 100 กิโลเมตร เพื่อไปวัดวันอาทิตย์ที่วัดแม่พระองค์อุปถัมภ์ อำเภอพนม จังหวัดสุราษฎร์ธานี วัดนักบุญฟรังซิส เซเวียร์ อำเภอเมือง จังหวัดตรัง และวัดแม่พระรับเกียรติยกขึ้นสวรรค์ อำเภอเมือง จังหวัดภูเก็ต
ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1987 พระสงฆ์คณะซาเลเซียน ได้มาเยี่ยมและทำมิสซาวันอาทิตย์ที่โรงแรมพระนางอินน์ อ่าวนาง เป็นครั้งคราว
ปี ค.ศ. 1994 พระสงฆ์คณะสติกมาตินจากจังหวัดตรัง และจังหวัดภูเก็ต ได้สลับเปลี่ยนกันมาทำมิสซาที่วัดน้อยชั่วคราวที่โรงแรมอันดามันฮอลิเดย์ รีสอร์ท เดือนละครั้ง
ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1996 พระสงฆ์คณะสติกมาติน จากตรังมาถวายบูชามิสซา เป็นประจำทุกวันอาทิตย์ ที่วัดน้อยโรงแรมอันดามันฯ
ตั้งแต่ปี ค.ศ. 2000 ได้เริ่มโครงการสร้างวัดถาวร ตามนโยบายของพระสังฆราชไมเคิล ประพนธ์ ชัยเจริญ ที่จัดสร้างวัดถาวรให้ครบทุกจังหวัด เพื่อเป็นของขวัญในโอกาสฉลองปี “ปีติมหาการุญ ค.ศ. 2000”
วันที่ 1 มกราคม ค.ศ. 2001 เริ่มดำเนินการก่อสร้าง วัดนักบุญอักแนส โดยได้รับจากผู้มีจิตศรัทธาบริจาค และจากสังฆมณฑลสุราษฎร์ธานี
เมื่อวันที่ 30 มิถุนายน ค.ศ. 2002 พระสังฆราชไมเคิล ประพนธ์ ชัยเจริญ เป็นประธานในพิธีเปิดและเสก วัดนักบุญอักแนส จังหวัดกระบี่
เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม ค.ศ. 2005 พระอัครสังฆราชซัลวาตอเร เพ็นนัคคีโอ พระสมณทูตวาติกัน ประจำประเทศไทย เป็นประธานเสกถ้ำแม่พระเมืองลูร์ด ที่ท่านได้สร้างถวายแด่แม่พระ ภายในบริเวณวัดนักบุญอักแนส
งานอภิบาลวัดนักบุญอักแนส กระบี่ มีความหลากหลายทางวัฒนธรรมของสัตบุรุษ ทั้งคนไทยและคนต่างชาติที่มาทำงานในจังหวัดกระบี่ ลักษณะงานอภิบาลของวัดจึงเป็นการให้ศาสนบริการ แก่ทั้งนักท่องเที่ยวชาวไทยและชาวต่างชาติ
